A compatibilidade genética entre os indivíduos testados é determinada através da comparação dos seus perfis genéticos.
O teste de ADN analisa certos locais específicos do ADN, chamados de marcadores genéticos, que possuem variações entre os indivíduos. Ao comparar os marcadores genéticos dos indivíduos testados, é possível identificar padrões genéticos que indicam uma possível relação genética, como paternidade, maternidade ou outras.
Considere o exemplo abaixo:

marcadores genéticos da tecnologia ABI global filer
Como se pode observar pelos marcadores genéticos acima (24 marcadores), em todas as linhas tem que haver pelo menos um número igual para o exame ser positivo. Neste caso, nos marcadores TPOX, D21S11, D18S51, D22S1045, D13S317 e D7S820, os alelos não são iguais.
Considere a imagem abaixo.
Se alterarmos os marcadores genéticos, transformando o exame negativo num exame positivo: